使用 Qubit RNA IQ Assay Kit 的检测结果指导实验设计的实际案例:
实验背景:研究团队欲通过 qRT - PCR 检测某疾病相关基因在不同组织样本中的表达差异。
检测结果:使用 Qubit RNA IQ Assay Kit 对提取的 RNA 样本进行检测,发现部分样本 RIN 值≥7,浓度在 200 - 500 ng/μL 之间,28S/18S 比值在 1.8 - 2.2 之间;而另一部分样本 RIN 值在 5 - 7 之间,浓度较低,约为 50 - 100 ng/μL,28S/18S 比值略低于 1.8。
实验设计调整:对于 RIN 值和浓度都较好的样本,可直接用于 qRT - PCR 实验,且可适当减少每个反应的 RNA 上样量,以避免 RNA 过量导致的非特异性扩增。对于 RIN 值在 5 - 7 之间的样本,由于其 RNA 有一定程度降解,可能影响定量准确性,研究团队决定增加每个反应的 RNA 上样量,并设置多个复孔,以提高检测的可靠性。同时,在数据分析时,对这些样本的数据进行更谨慎的处理和验证。
实验背景:科研人员计划对某种植物在不同生长阶段的转录组进行测序,以了解其基因表达的动态变化。
检测结果:Qubit RNA IQ Assay Kit 检测显示,大部分样本 RIN 值>8,浓度在 300 - 800 ng/μL 之间,28S/18S 比值接近 2.0,但有少数样本 RIN 值为 6 - 7,浓度也相对较低,约为 100 - 200 ng/μL。
实验设计调整:对于高质量的样本,按照标准的转录组测序文库构建流程进行操作。而对于 RIN 值为 6 - 7 的样本,考虑到转录组测序对 RNA 完整性要求较高,研究人员首先尝试优化 RNA 提取方法,重新提取这些样本的 RNA,若再次检测结果仍不理想,他们决定将这些样本用于其他对 RNA 质量要求稍低的实验,如简单的基因差异表达分析,而不用于转录组测序,以免因 RNA 质量问题影响测序数据的质量和后续分析。
实验背景:某实验室致力于研究 microRNA 在肿瘤发生发展中的作用,需要从肿瘤组织和正常对照组织中提取 RNA,进行 microRNA 的表达谱分析。
检测结果:Qubit RNA IQ Assay Kit 的检测结果表明,所有样本的 RIN 值都在 7 - 8 之间,浓度在 150 - 400 ng/μL 之间,但 28S/18S 比值在 1.6 - 1.8 之间,略低于理想范围。
实验设计调整:由于 microRNA 相对较小且稳定性较高,对总 RNA 的完整性要求不像 mRNA 那样严格。虽然 28S/18S 比值略低,但 RIN 值表明 RNA 整体质量尚可。因此,研究人员在实验设计中,适当增加了 RNA 的起始量,以确保有足够的 microRNA 用于后续的分离和检测步骤。同时,在数据分析阶段,采用了一些专门针对 microRNA 表达谱分析的算法和质量控制措施,以减少可能因 RNA 质量问题带来的误差。