凝胶完整性:实验结束后,首先观察凝胶是否完整,有无破损、断裂或脱落现象。若凝胶存在明显破损,可能导致蛋白质样品在电泳过程中泄漏或迁移路径改变,使结果无法准确反映样品真实情况,此时实验结果可信度低,需重新实验。
凝胶透明度:正常情况下,凝胶应具有良好的透明度,便于观察条带。若凝胶出现浑浊、发白等情况,可能是凝胶制备过程中存在问题,如试剂不纯、聚合不充分等,这会影响条带清晰度,导致难以准确分析蛋白质分离情况。
溴酚蓝位置:溴酚蓝作为常用指示剂,其迁移位置可作为判断电泳进程的参考。在常规 SDS-PAGE 电泳中,溴酚蓝在不同浓度凝胶中的迁移速度有一定规律,例如在 10% - 12% 的聚丙烯酰胺凝胶中,其迁移位置大致相当于 3 - 5 kDa 的蛋白质。若溴酚蓝迁移至凝胶底部或异常位置,需结合具体情况分析。若过早到达底部,可能是电泳时间过长或电压过高,导致小分子蛋白质可能跑出凝胶,影响结果完整性;若迁移过慢,则可能是电压过低或凝胶浓度异常。
条带清晰度:清晰、锐利的蛋白质条带是实验成功的重要标志。若条带模糊、弥散,可能是由于样品浓度过高,导致蛋白质在凝胶中堆积,无法有效分离;也可能是电泳缓冲液使用不当、凝胶聚合不均匀或电泳过程中温度过高等原因。此外,样品中存在杂质、蛋白质降解等情况,也会造成条带不清晰。
条带数量与位置:根据实验目的和样品预期,判断条带数量和位置是否合理。对于已知成分的样品,若条带数量缺失,可能是某些蛋白质未被有效分离或在样品处理过程中丢失;若出现额外条带,可能是样品污染、蛋白质发生修饰或降解产生新的片段。通过与标准蛋白质分子量 Marker 对比条带位置,可估算目标蛋白质的分子量,若估算值与预期值偏差较大,需检查实验过程是否存在问题。
条带强度:条带的强度(颜色深浅)在一定程度上反映了蛋白质的含量。同一样品不同泳道中,若条带强度差异明显,可能是上样量不一致导致;对于不同样品的条带,强度对比可初步反映蛋白质表达量的差异,但需注意,条带强度还受染色效果、曝光时间等因素影响,因此如需准确分析蛋白质含量,还需结合定量方法进一步验证。
标准蛋白质分子量 Marker:实验中通常会加入标准蛋白质分子量 Marker 作为参照,其包含一系列已知分子量的蛋白质条带。通过将样品条带与 Marker 条带对比,可准确判断样品中蛋白质的分子量范围,评估电泳分离效果。若 Marker 条带分离异常,如条带扭曲、重叠,可能是凝胶质量问题或电泳条件不合适,此时基于 Marker 得出的样品分子量判断也会不准确。
阳性与阴性对照:在设计实验时,设置阳性和阴性对照有助于判断实验结果的可靠性。阳性对照应出现预期的蛋白质条带,若未出现,则可能是实验操作过程存在问题,如样品处理不当、电泳条件不合适等;阴性对照应无目标条带,若出现条带,则提示可能存在样品污染或非特异性反应,需要对实验过程进行排查和优化。