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FC-121-4003 TruSeq Nano DNA HT Library Preparation Kit 用户指南

更新时间:2025-04-21      点击次数:88

FC-121-4003 TruSeq Nano DNA HT Library Preparation Kit 用户指南

——高效、低样本量DNA文库构建解决方案

一、产品概述

FC-121-4003 TruSeq Nano DNA HT Library Preparation Kit(货号:FC-121-4003)是一款专为Illumina高通量测序平台设计的DNA文库构建试剂盒,适用于低起始量DNA样本(100 ng)的高效建库。该试剂盒基于磁珠纯化技术,通过优化PCR扩增和片段选择流程,显著降低文库偏差(bias)和覆盖度缺口(coverage gaps),为全基因组重测序、靶向测序及表观遗传学研究提供高质量数据支持。

核心参数

  • 规格:96样本/板(96 indexes in plate format)

  • 适用样本类型:基因组DNA(gDNA)

  • 起始量:100 ng(350 bp插入片段)或200 ng(550 bp插入片段)

  • 文库构建时间:<1天(手动操作)

  • 兼容读长:2×101 bp至2×151 bp

  • 储存条件:-15℃至-25℃避光保存

二、技术优势

  1. 低样本量兼容性

    • 微量DNA输入:仅需100 ng起始量,适用于肿瘤组织、FFPE样本等珍贵样本的建库。

    • 样本保护:减少DNA消耗,保留样本用于后续分析。

  2. 高覆盖度与低偏差

    • 磁珠纯化替代凝胶回收:避免传统凝胶电泳导致的样本损失,提升回收率。

    • 优化PCR扩增:减少PCR诱导的覆盖度缺口,GC富集区、启动子及重复序列的覆盖度显著提升。

  3. 高通量支持

    • 96样本并行处理:96孔板格式设计,适配自动化平台(如Biomek i7),单次运行可处理96个样本。

    • 灵活索引配置:提供96种索引,避免样本混淆。

  4. 快速工作流程

    • 简化操作:预混试剂减少移液步骤,降低操作误差。

    • 单日建库:从DNA片段化到文库富集,全流程可在1天内完成。

三、操作指南

(一)实验前准备
  1. 试剂与耗材

    • FC-121-4003 TruSeq Nano DNA HT Library Preparation Kit

    • 96孔PCR板、磁力架、移液器(10-1000 μL)、Qubit荧光定量仪

    • 超声波打断仪(如Covaris)、AMPure XP磁珠

  2. 样本准备

    • DNA质量评估:使用Qubit或PicoGreen定量,A260/A280比值≥1.8。

    • 片段化:将DNA片段化至350 bp或550 bp(推荐Covaris超声波打断)。

(二)实验操作
  1. 末端修复与加A尾

    • 将片段化DNA与末端修复酶混合,37℃孵育30分钟,72℃孵育30分钟。

    • 加入dATP和Taq酶,72℃孵育30分钟,完成加A尾。

  2. 接头连接

    • 添加预混的接头(Adapters)和连接酶,20℃孵育15分钟。

  3. 磁珠纯化

    • 使用AMPure XP磁珠回收连接产物,去除未结合的接头。

  4. PCR扩增

    • 98℃ 30秒

    • 98℃ 10秒 → 60℃ 30秒 → 72℃ 30秒(循环数:8-12)

    • 72℃ 5分钟

    • 配置PCR反应体系(含Index Primer),按以下程序扩增:

  5. 文库富集与质量控制

    • 再次使用磁珠纯化PCR产物,Qubit定量并使用Agilent Bioanalyzer或TapeStation检测片段分布。

(三)实验后处理
  • 文库混合:将等量文库混合后,使用KAPA Library Quantification Kit定量。

  • 上机测序:稀释至4 nM,与PhiX质控DNA混合后上机(建议比例:5% PhiX)。

四、使用技巧与高效操作

  1. 优化DNA片段化

    • 片段大小:350 bp(Duty Factor 10%,Peak Incident Power 175,Cycles/Burst 200,Time 60秒)

    • 片段大小:550 bp(Duty Factor 10%,Peak Incident Power 175,Cycles/Burst 200,Time 120秒)

    • 使用Covaris ME220超声波打断仪,参数建议:

  2. 提高文库质量

    • 磁珠纯化时,确保DNA与磁珠比例(推荐1:0.8),避免过度清洗导致DNA损失。

    • PCR循环数根据起始量调整(100 ng DNA建议10-12个循环)。

  3. 质量控制要点

    • Qubit定量:确保文库浓度≥2 nM。

    • Bioanalyzer分析:主峰应在目标片段大小±20 bp范围内,无接头二聚体峰。

五、注意事项

  1. 安全规范

    • 操作时佩戴手套与护目镜,避免试剂接触皮肤或吸入。

    • 废弃物需按化学危险品处理。

  2. 操作细节

    • 移液精度:使用校准后的移液器,误差<±1%。

    • 温度控制:确保试剂和文库在规定温度下储存和处理。

  3. 故障排除

    • 文库浓度低:检查PCR循环数是否过低或磁珠纯化效率。

    • 片段分布异常:调整片段化参数或延长磁珠纯化时间。

六、用户评价与支持

  • 用户反馈

    • “FC-121-4003试剂盒显著降低了FFPE样本的建库失败率,数据质量稳定。"

    • “磁珠纯化流程简单高效,适合高通量样本处理。"



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