选择合适的提取试剂:根据样品来源选择针对性的提取试剂。对于动物组织,使用含有蛋白酶抑制剂的 RIPA 裂解液,可有效抑制蛋白酶活性,防止蛋白质降解;植物样品则可选用含 β- 巯基乙醇的提取缓冲液,能打破植物细胞的二硫键,使蛋白质充分释放。若提取膜蛋白,需使用专门的膜蛋白提取试剂盒,其中的非离子型去垢剂可温和溶解膜蛋白,保持其天然构象 。
优化提取方法:采用机械破碎与化学裂解相结合的方式,提高蛋白质提取效率。如对细菌样品,先使用超声波破碎仪进行物理破碎,再加入裂解液进行化学裂解,确保细胞破碎,蛋白质充分释放。同时,在提取过程中,尽量保持低温环境(0 - 4℃),减少蛋白质降解。
严格控制变性条件:样品与上样缓冲液混合后,变性温度和时间需精准把控。一般在 95 - 100℃下加热 3 - 10 分钟,对于含有大量二硫键的蛋白质,可适当延长加热时间至 10 分钟,确保二硫键充分断裂,使蛋白质伸展为线性分子。加热完成后,立即将样品置于冰浴中快速冷却,防止蛋白质重新聚集。
优化上样缓冲液配方:根据实验需求,可对 SDS-PAGE 上样缓冲液进行优化。若需增强蛋白质的还原效果,可适当增加 β- 巯基乙醇或二硫苏糖醇(DTT)的用量;对于一些对 pH 敏感的蛋白质,可调整缓冲液中 Tris-HCl 的浓度,维持合适的 pH 环境,保证蛋白质充分变性且不发生沉淀。
确定最佳上样量:通过预实验摸索最佳上样量。将样品进行梯度稀释,分别取不同体积上样电泳,观察条带清晰度和分离效果,选择条带清晰、无拖尾和重叠的上样量作为最佳值。一般来说,每孔总蛋白上样量控制在 10 - 20μg,对于纯化的蛋白质样品,5 - 10μg 即可满足分析需求。
保证上样准确性:使用校准后的微量移液器进行上样操作,吸取样品时缓慢吸液,确保吸头内无气泡。上样时,将移液器吸头垂直插入加样孔底部,缓慢推出样品,避免样品溢出至相邻泳道,保证各泳道上样量一致,减少实验误差。
离心处理:样品提取后,通过高速离心(12000 - 15000 rpm,离心 10 - 15 分钟)去除细胞碎片、不溶性杂质等。离心后的上清液即为蛋白质样品,可用于后续实验。若样品中仍存在微小颗粒,可进一步使用 0.22μm 或 0.45μm 的滤膜进行过滤。
脱盐处理:当样品中盐浓度过高时,会影响蛋白质在凝胶中的迁移。可采用透析、超滤或脱盐柱等方法进行脱盐处理,降低盐浓度,使蛋白质迁移更顺畅,提高电泳分辨率。